L'Académie de Trayus était située sur la planète Malachor V, après la première activation du Générateur d'Ombre de Masse. C'était une ancienne académie Sith qui avait été découverte par le Seigneur Noir Dark Revan. À cause de l'instabilité de la planète, l'académie était cachée et protégée de tout intrus qui ne connaissait pas le chemin pour y accéder. Elle avait été remise en état pour entraîner une nouvelle génération de Sith, que Dark Traya avait l'intention d'utiliser pour détruire l'Ordre Jedi. L'Académie est devenue plus active avec le temps et a été fréquentée par deux Seigneurs Sith : Dark Nihilus et Dark Sion, qui étaient disposés à unir leurs forces pour détruire l'Ordre Jedi. Leur union a donné naissance au Triumvirat Sith et l'Académie de Trayus a connu son âge d'or. Dark Sion a formé des Assassins Sith pour la purge Jedi. Cependant, Dark Nihilus et Dark Sion ont finalement trahi Traya et l'ont exilée. Elle a fait appel à l'Exilé (Meetra Surik) pour vaincre Nihilus, Sion et finalement Traya. L'Exilé a détruit le Triumvirat, déclenchant à nouveau le Générateur d’Ombre de Masse qui a réduit en poussière l'Académie de Trayus ainsi que les restes instables de la planète Malachor V. Dark Revan avait ravivé l'Académie Trayus et s'en était servi pour former de nouveaux fantassins, assassins, guerriers Sith et Jedi Noirs. Alek Squinquargesimus était le nom précédent de Dark Malak. "Le coeur de Trayus" était le nom de l'autel à l'Académie de Trayus pendant le Triumvirat Sith.